Ontological and epistemic aspects in clinical terminologies: looking for semantic interoperability in the medical environment

Authors

DOI:

https://doi.org/10.5007/1518-2924.2019.e57996

Keywords:

Clinical terminology, Ontology, Epistemology, Semantic interoperability, Electronic health record

Abstract

Objective: The improvement in the continuing care provided to the huge population in healthcare units is a real challenge to Brazilian society. One of the main issues in this context, which healthcare professionals are not able to solve by themselves, is the difficulty of integration among the medical records of a patient that are scattered around different geographical and temporal regions.

Method: The present research investigates the ambiguity inherent to medical terminologies – particularly the International Classification of Diseases (ICD) and the Systematized Nomenclature of Medicine-Clinical Terms (SNOMED CT) – which impacts in the possibilities of semantic interoperability among electronic healthcare records.

Results: As solution, we study how to anchor medical terms exhibiting weak semantics to ontological and well-founded resources. The double process of anchoring, which consists of connecting terminologies to well-founded ontologies and adopting atomic terms, was created with the aim of reducing the ambiguity in the scope of healthcare information systems.

Conclusions: Interoperability is an issue without a trivial solution. The proposed anchoring is a possibility to foster systems integration because of the connection to well-grounded resources built with the best practices. We hope the results can provide advances to the information systems used in healthcare systems and, ultimately, to the continuing care to the citizen, through the Information Science techniques.

Downloads

Download data is not yet available.

Author Biographies

Livia Marangon Duffles Teixeira, Universidade Federal de Minas Gerais

Professora do Departamento de Ciência da Informação

Maurício Barcellos Almeida, Universidade Federal de Minas Gerais

Professora do Departamento de Ciência da Informação

References

ALMEIDA, M. B.; ANDRADE, A. Information, reality and epistemology: an ontological take. In: OBML, 2011, Proceedings… Berlin: Universität Leipzig, 2011. Disponível em: http://mba.eci.ufmg.br/downloads/partOBML11.pdf. Acesso em: 21 mar. 2018.

ALMEIDA, M.B.; ANDRADE, A.Q. Organização da informação em prontuários de pacientes: uma abordagem Popperiana. Informação & Tecnologia, v.1, n.1, p.29-41, 2014.

ANDRADE, A. Q. de. A linguagem médica utilizada em prontuários e suas representações em Sistemas de Informação: as ontologias e os modelos de informação. Tese (doutorado) – UFMG, Escola de Ciência da Informação, 2013.

BACELAR, G.; CORREIA, R. As bases do openEHR: versão 1.0. Porto: Virtual Care, 2015. Disponível em: https://site.medicina.ufmg.br/cins/wp-content/uploads/sites/4/2015/10/ebook-openEHR-UFMG-v1.2.pdf. Acesso em: 06 mar. 2018

BARRA, D. C. C.; SASSO, G. T. M. D. Padrões de dados, terminologias e sistemas de classificação para o cuidado em saúde e enfermagem. Rev. bras. enferm., v.64, n.6., 2015.

BEALE, T.; HEARD, S. An ontology-based model of clinical information. Stud Health Technol Inform, v.129, 2007. Disponível em: https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/17911819. Acesso em: 10 mar.2018

BODENREIDER, O.; SMITH, B.; BURGUN, A. The Ontology-Epistemology divide: a case study in medical terminology. In: Proceedings… International Conference on Formal Ontology and Information Systems - FOIS, 2004.

BOWKER, G. C. The history of information infrastructures: the case of the international classification of diseases. Information Processing & Management, v.32, n.1, 1996.

BRASIL. Ministério da Saúde. Portaria n. 2073, de 31 de agosto de 2011. Regulamenta o uso de padrões de interoperabilidade e informação em saúde para sistemas de informação em saúde no âmbito do Sistema Único de Saúde, nos níveis Municipal, Distrital, Estadual e Federal, e para os sistemas privados e do setor de saúde suplementar. Disponível em: http://bvsms.saude.gov.br/bvs/saudelegis/gm/2011/prt2073_31_08_2011.html. Acesso em: 27 mar.2018

CASCÃO, A. M.; Di NUBILA, H. B. V.; LAURENTI, R. Manual de treinamento: codificação em mortalidade (aluno). São Paulo: USP. FSP. Centro Brasileiro de Classificação de Doenças, 2014.

CEUSTERS, W.; SMITH, B.; KUMAR, A.; DHAEN, C. Ontology-based error detection in SNOMED CT. In: 11 MEDINFO, 2004, Proceedings... Disponível em: http://ebooks.iospress.nl/publication/21030. Acesso em: 16 abr.2018

DIAS, T. F. de F. Método para mapeamento entre terminologias em saúde, visando a interoperabilidade entre sistemas de informação. Dissertação (Mestrado em Bioengenharia) - USP, São Carlos, 2014. Disponível em: http://www.teses.usp.br/teses/disponiveis/82/82131/tde-28032016-135323/pt-br.php. Acesso em: 05 fev.2018

Di NUBILA, H. B. V. Aplicações das classificações CID-10 e CIF nas definições de deficiência e incapacidade. Tese (Doutorado). Faculdade de Saúde Pública, USP, 2007. Disponível em: http://www.teses.usp.br/teses/disponiveis/6/6132/tde-09042007-151313/pt-br.php. Acesso em: 21 ago.2017

FREITAS, F.; SCHULZ, S.; MORAES, E. Pesquisa de terminologias e ontologias atuais em biologia e medicina. RECIIS – R. Eletr. de Com. Inf. Inov. Saúde, v.3, n.1, p.8-20, mar., 2009. Disponível em: https://www.academia.edu/7329012/Pesquisa_de_terminologias_e_ontologias_atuais_em_biologia_e_medicina. Acesso em: 22 jan.2018

GÓMEZ-PÉREZ, A.; FERNÁNDEZ-LÓPEZ, M.; CORCHO, O. Ontological engineering: with examples from the areas of knowledge management, e-commerce and the semantic web. London: Springer-Verlag, 2004.

GUIZZARDI, G. On Ontology, ontologies, conceptualizations, modeling languages, and (Meta) models. Frontiers in Artificial Intelligence and Applications, Databases and Information Systems IV. IOS Press: Amsterdam, 2007. Disponível em: https://www.inf.ufes.br/~gguizzardi/FAIA.pdf. Acesso em: 04 abr.2018

HOVENGA, E.; GARDE, S.; HEARD, S. Nursing constraint models for electronic health records: a vision for domain knowledge governance. Int J Med Inform, v.74, n.11-12, 2005. Disponível em: https://www.sciencedirect.com/science/article/pii/S138650560500119X. Acesso em 20 mar.2018

INSTITUTO ITACA; VERATECH FOR HEALTH. Introdução a modelagem de informação clínica ISO 13606. [s.d.]. Disponível em: https://site.medicina.ufmg.br/cins/wp-content/uploads/sites/4/2015/12/IntroModelInfoClinISO13606_0a5.pdf. Acesso em: 13 mar.2018

JUPP, S. Document Navigation: Ontologies or Knowledge Organisation Systems. University of Manchester, 2007.

KALRA, D. Electronic health record standards. Methods of Information in Medicine, v.45, p.136-144, 2006. Disponível em: https://pdfs.semanticscholar.org/02e0/2e30852ce08db115e12dd782438fba745fa0.pdf. Acesso em: 15 mar.2018

KEIZER, N.F.de; ABU-HANNA, A.; ZWETSLOOT-SCHONK, J.H.M. Understanding terminological systems I: terminology and typology. Methods of Information in Medicine, v.39, p.16–21, 2000. Disponível em: https://pure.uva.nl/ws/files/3425359/21469_105809y.pdf. Acesso em: 12 out.2017

LAURENTI, R.; CASCÃO, A. M.; OLIVEIRA, H. de; GRASSI, P. R.; FERNANDES, W. J.; OLIVEIRA, B. Z. de; CARRÉ, M. L. Manual de treinamento: codificação em mortalidade. São Paulo: Centro Brasileiro de Classificação de Doenças; 2007.

LAURENTI, R.; DI NUBILA, H. B. V.; QUADROS, A. A. J.; CONDE, M. T. R. P.; OLIVEIRA, A. S. A Classificação Internacional de Doenças, a Família de Classificações Internacionais, a CID-11 e a Síndrome Pos-Poliomielite. Arq. Neuro-Psiquiatr, v.71, n.9A, p. 3-10, 2013.

LEE, D.; KEIZER, N. de; LAU, F.; CORNET, R. Literature review of SNOMED CT use. J Am Med Inform Assoc; n.21, p.e11–e19 , 2014. Disponível em: https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC3957381/. Acesso em: 06 fev.2018

MARCO-RUIZ, L.; MALM-NICOLAISEN, K.; PEDERSEN, R.; MAKHLYSHEVA, A.; BAKKEVOLL, P. A. Alignment of information models and domain ontologies. In: Ontology-based terminologies for healthcare: Impact assessment and transitional consequences for implementation - project report. cap.8. Norwegian Centre for E-health Research, 2017.

MELIONE, L. P. R; MELLO JORGE, M. H. P. Confiabilidade da Informação sobre hospitalizações por causas externas de um hospital público em São José dos Campos, São Paulo, Brasil. Revista Brasileira de Epidemiologia, v.11, n. 3, p. 379-392, 2008.

OLIVEIRA, J. P.; ALMEIDA, M. B.; QUINTELA, E. L. Uma visão geral sobre fontes de informações em saúde. In: I Congresso ISKO Espanha e Portugal 2013. Atas... Disponível em: http://www.iskoiberico.org/wp-content/uploads/2014/09/porto13.pdf. Acesso em 30 jan.2018

RECTOR, A. L.; QAMAR, R.; MARLEY, T. Binding ontologies and coding systems to electronic health records and messages. Applied Ontology, v.4, n.1, p.51-69, 2009 Disponível em: http://ceur-ws.org/Vol-222/krmed2006-p02.pdf. Acesso em: 20 mar.2018.

STENZHORN, H.; SCHULZ, S.; BOEKER, M.; SMITH, B. Adapting clinical ontologies in real-world environments. J Univers. Comput Sci., v.14, n.22, 2008.

SMITH, B. et al. “The OBO foundry: coordinated evolution of ontologies to

support biomedical dataintegration”. Nature Biotechnology, v. 25, n. 11, 2007.

SYSTEMATIZED NOMENCLATURE OF MEDICINE - SNOMED INTERNATIONAL. 2018. Disponível em: https://www.snomed.org/. Acesso em: 29 jan.2018

SYSTEMATIZED NOMENCLATURE OF MEDICINE - SNOMED CT. SNOMED CT: starter guide. 2017. Disponível em: https://confluence.ihtsdotools.org/display/DOCSTART/SNOMED+CT+Starter+Guide. Acesso em: 29 jan.2018

TOMIMATSU, M. F. A. I.; ANDRADE, S. M.; SOARES, D. A. Qualidade da informação sobre causas externas no sistema de informações hospitalares. Revista de Saúde Pública, v.43, n.3, p.413-420, 2009.

VERAS, C. M. T.; MARTINS, M. S. A confiabilidade dos dados nos formulários de autorização de internação hospitalar (AIH). Rio de Janeiro, Brasil. Cadernos de Saúde Pública, v.10, n.3, p.339-355, 1994.

WORLD HEALTH ORGANIZATION - WHO. Classifications. 2016. Disponível em:

http://www.who.int/classifications/icd/en/. Acesso em: 21 ago.2017

Published

2019-05-06

How to Cite

TEIXEIRA, Livia Marangon Duffles; ALMEIDA, Maurício Barcellos. Ontological and epistemic aspects in clinical terminologies: looking for semantic interoperability in the medical environment. Encontros Bibli: revista eletrônica de biblioteconomia e ciência da informação, [S. l.], v. 24, n. 55, p. 1–21, 2019. DOI: 10.5007/1518-2924.2019.e57996. Disponível em: https://periodicos.ufsc.br/index.php/eb/article/view/1518-2924.2019.e57996. Acesso em: 11 may. 2024.

Issue

Section

Articles

Similar Articles

<< < 5 6 7 8 9 10 11 12 13 14 > >> 

You may also start an advanced similarity search for this article.

Most read articles by the same author(s)