Ontological and epistemic aspects in clinical terminologies: looking for semantic interoperability in the medical environment
DOI:
https://doi.org/10.5007/1518-2924.2019.e57996Keywords:
Clinical terminology, Ontology, Epistemology, Semantic interoperability, Electronic health recordAbstract
Objective: The improvement in the continuing care provided to the huge population in healthcare units is a real challenge to Brazilian society. One of the main issues in this context, which healthcare professionals are not able to solve by themselves, is the difficulty of integration among the medical records of a patient that are scattered around different geographical and temporal regions.
Method: The present research investigates the ambiguity inherent to medical terminologies – particularly the International Classification of Diseases (ICD) and the Systematized Nomenclature of Medicine-Clinical Terms (SNOMED CT) – which impacts in the possibilities of semantic interoperability among electronic healthcare records.
Results: As solution, we study how to anchor medical terms exhibiting weak semantics to ontological and well-founded resources. The double process of anchoring, which consists of connecting terminologies to well-founded ontologies and adopting atomic terms, was created with the aim of reducing the ambiguity in the scope of healthcare information systems.
Conclusions: Interoperability is an issue without a trivial solution. The proposed anchoring is a possibility to foster systems integration because of the connection to well-grounded resources built with the best practices. We hope the results can provide advances to the information systems used in healthcare systems and, ultimately, to the continuing care to the citizen, through the Information Science techniques.
Downloads
References
ALMEIDA, M. B.; ANDRADE, A. Information, reality and epistemology: an ontological take. In: OBML, 2011, Proceedings… Berlin: Universität Leipzig, 2011. Disponível em: http://mba.eci.ufmg.br/downloads/partOBML11.pdf. Acesso em: 21 mar. 2018.
ALMEIDA, M.B.; ANDRADE, A.Q. Organização da informação em prontuários de pacientes: uma abordagem Popperiana. Informação & Tecnologia, v.1, n.1, p.29-41, 2014.
ANDRADE, A. Q. de. A linguagem médica utilizada em prontuários e suas representações em Sistemas de Informação: as ontologias e os modelos de informação. Tese (doutorado) – UFMG, Escola de Ciência da Informação, 2013.
BACELAR, G.; CORREIA, R. As bases do openEHR: versão 1.0. Porto: Virtual Care, 2015. Disponível em: https://site.medicina.ufmg.br/cins/wp-content/uploads/sites/4/2015/10/ebook-openEHR-UFMG-v1.2.pdf. Acesso em: 06 mar. 2018
BARRA, D. C. C.; SASSO, G. T. M. D. Padrões de dados, terminologias e sistemas de classificação para o cuidado em saúde e enfermagem. Rev. bras. enferm., v.64, n.6., 2015.
BEALE, T.; HEARD, S. An ontology-based model of clinical information. Stud Health Technol Inform, v.129, 2007. Disponível em: https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/17911819. Acesso em: 10 mar.2018
BODENREIDER, O.; SMITH, B.; BURGUN, A. The Ontology-Epistemology divide: a case study in medical terminology. In: Proceedings… International Conference on Formal Ontology and Information Systems - FOIS, 2004.
BOWKER, G. C. The history of information infrastructures: the case of the international classification of diseases. Information Processing & Management, v.32, n.1, 1996.
BRASIL. Ministério da Saúde. Portaria n. 2073, de 31 de agosto de 2011. Regulamenta o uso de padrões de interoperabilidade e informação em saúde para sistemas de informação em saúde no âmbito do Sistema Único de Saúde, nos níveis Municipal, Distrital, Estadual e Federal, e para os sistemas privados e do setor de saúde suplementar. Disponível em: http://bvsms.saude.gov.br/bvs/saudelegis/gm/2011/prt2073_31_08_2011.html. Acesso em: 27 mar.2018
CASCÃO, A. M.; Di NUBILA, H. B. V.; LAURENTI, R. Manual de treinamento: codificação em mortalidade (aluno). São Paulo: USP. FSP. Centro Brasileiro de Classificação de Doenças, 2014.
CEUSTERS, W.; SMITH, B.; KUMAR, A.; DHAEN, C. Ontology-based error detection in SNOMED CT. In: 11 MEDINFO, 2004, Proceedings... Disponível em: http://ebooks.iospress.nl/publication/21030. Acesso em: 16 abr.2018
DIAS, T. F. de F. Método para mapeamento entre terminologias em saúde, visando a interoperabilidade entre sistemas de informação. Dissertação (Mestrado em Bioengenharia) - USP, São Carlos, 2014. Disponível em: http://www.teses.usp.br/teses/disponiveis/82/82131/tde-28032016-135323/pt-br.php. Acesso em: 05 fev.2018
Di NUBILA, H. B. V. Aplicações das classificações CID-10 e CIF nas definições de deficiência e incapacidade. Tese (Doutorado). Faculdade de Saúde Pública, USP, 2007. Disponível em: http://www.teses.usp.br/teses/disponiveis/6/6132/tde-09042007-151313/pt-br.php. Acesso em: 21 ago.2017
FREITAS, F.; SCHULZ, S.; MORAES, E. Pesquisa de terminologias e ontologias atuais em biologia e medicina. RECIIS – R. Eletr. de Com. Inf. Inov. Saúde, v.3, n.1, p.8-20, mar., 2009. Disponível em: https://www.academia.edu/7329012/Pesquisa_de_terminologias_e_ontologias_atuais_em_biologia_e_medicina. Acesso em: 22 jan.2018
GÓMEZ-PÉREZ, A.; FERNÁNDEZ-LÓPEZ, M.; CORCHO, O. Ontological engineering: with examples from the areas of knowledge management, e-commerce and the semantic web. London: Springer-Verlag, 2004.
GUIZZARDI, G. On Ontology, ontologies, conceptualizations, modeling languages, and (Meta) models. Frontiers in Artificial Intelligence and Applications, Databases and Information Systems IV. IOS Press: Amsterdam, 2007. Disponível em: https://www.inf.ufes.br/~gguizzardi/FAIA.pdf. Acesso em: 04 abr.2018
HOVENGA, E.; GARDE, S.; HEARD, S. Nursing constraint models for electronic health records: a vision for domain knowledge governance. Int J Med Inform, v.74, n.11-12, 2005. Disponível em: https://www.sciencedirect.com/science/article/pii/S138650560500119X. Acesso em 20 mar.2018
INSTITUTO ITACA; VERATECH FOR HEALTH. Introdução a modelagem de informação clínica ISO 13606. [s.d.]. Disponível em: https://site.medicina.ufmg.br/cins/wp-content/uploads/sites/4/2015/12/IntroModelInfoClinISO13606_0a5.pdf. Acesso em: 13 mar.2018
JUPP, S. Document Navigation: Ontologies or Knowledge Organisation Systems. University of Manchester, 2007.
KALRA, D. Electronic health record standards. Methods of Information in Medicine, v.45, p.136-144, 2006. Disponível em: https://pdfs.semanticscholar.org/02e0/2e30852ce08db115e12dd782438fba745fa0.pdf. Acesso em: 15 mar.2018
KEIZER, N.F.de; ABU-HANNA, A.; ZWETSLOOT-SCHONK, J.H.M. Understanding terminological systems I: terminology and typology. Methods of Information in Medicine, v.39, p.16–21, 2000. Disponível em: https://pure.uva.nl/ws/files/3425359/21469_105809y.pdf. Acesso em: 12 out.2017
LAURENTI, R.; CASCÃO, A. M.; OLIVEIRA, H. de; GRASSI, P. R.; FERNANDES, W. J.; OLIVEIRA, B. Z. de; CARRÉ, M. L. Manual de treinamento: codificação em mortalidade. São Paulo: Centro Brasileiro de Classificação de Doenças; 2007.
LAURENTI, R.; DI NUBILA, H. B. V.; QUADROS, A. A. J.; CONDE, M. T. R. P.; OLIVEIRA, A. S. A Classificação Internacional de Doenças, a Família de Classificações Internacionais, a CID-11 e a Síndrome Pos-Poliomielite. Arq. Neuro-Psiquiatr, v.71, n.9A, p. 3-10, 2013.
LEE, D.; KEIZER, N. de; LAU, F.; CORNET, R. Literature review of SNOMED CT use. J Am Med Inform Assoc; n.21, p.e11–e19 , 2014. Disponível em: https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC3957381/. Acesso em: 06 fev.2018
MARCO-RUIZ, L.; MALM-NICOLAISEN, K.; PEDERSEN, R.; MAKHLYSHEVA, A.; BAKKEVOLL, P. A. Alignment of information models and domain ontologies. In: Ontology-based terminologies for healthcare: Impact assessment and transitional consequences for implementation - project report. cap.8. Norwegian Centre for E-health Research, 2017.
MELIONE, L. P. R; MELLO JORGE, M. H. P. Confiabilidade da Informação sobre hospitalizações por causas externas de um hospital público em São José dos Campos, São Paulo, Brasil. Revista Brasileira de Epidemiologia, v.11, n. 3, p. 379-392, 2008.
OLIVEIRA, J. P.; ALMEIDA, M. B.; QUINTELA, E. L. Uma visão geral sobre fontes de informações em saúde. In: I Congresso ISKO Espanha e Portugal 2013. Atas... Disponível em: http://www.iskoiberico.org/wp-content/uploads/2014/09/porto13.pdf. Acesso em 30 jan.2018
RECTOR, A. L.; QAMAR, R.; MARLEY, T. Binding ontologies and coding systems to electronic health records and messages. Applied Ontology, v.4, n.1, p.51-69, 2009 Disponível em: http://ceur-ws.org/Vol-222/krmed2006-p02.pdf. Acesso em: 20 mar.2018.
STENZHORN, H.; SCHULZ, S.; BOEKER, M.; SMITH, B. Adapting clinical ontologies in real-world environments. J Univers. Comput Sci., v.14, n.22, 2008.
SMITH, B. et al. “The OBO foundry: coordinated evolution of ontologies to
support biomedical dataintegration”. Nature Biotechnology, v. 25, n. 11, 2007.
SYSTEMATIZED NOMENCLATURE OF MEDICINE - SNOMED INTERNATIONAL. 2018. Disponível em: https://www.snomed.org/. Acesso em: 29 jan.2018
SYSTEMATIZED NOMENCLATURE OF MEDICINE - SNOMED CT. SNOMED CT: starter guide. 2017. Disponível em: https://confluence.ihtsdotools.org/display/DOCSTART/SNOMED+CT+Starter+Guide. Acesso em: 29 jan.2018
TOMIMATSU, M. F. A. I.; ANDRADE, S. M.; SOARES, D. A. Qualidade da informação sobre causas externas no sistema de informações hospitalares. Revista de Saúde Pública, v.43, n.3, p.413-420, 2009.
VERAS, C. M. T.; MARTINS, M. S. A confiabilidade dos dados nos formulários de autorização de internação hospitalar (AIH). Rio de Janeiro, Brasil. Cadernos de Saúde Pública, v.10, n.3, p.339-355, 1994.
WORLD HEALTH ORGANIZATION - WHO. Classifications. 2016. Disponível em:
http://www.who.int/classifications/icd/en/. Acesso em: 21 ago.2017
Downloads
Published
How to Cite
Issue
Section
License
Copyright (c) 2019 Livia Marangon Duffles Teixeira, Maurício Barcellos Almeida
This work is licensed under a Creative Commons Attribution 4.0 International License.
The author must guarantee that:
- there is full consensus among all the coauthors in approving the final version of the document and its submission for publication.
- the work is original, and when the work and/or words from other people were used, they were properly acknowledged.
Plagiarism in all of its forms constitutes an unethical publication behavior and is unacceptable. Encontros Bibli has the right to use software or any other method of plagiarism detection.
All manuscripts submitted to Encontros Bibli go through plagiarism and self-plagiarism identification. Plagiarism identified during the evaluation process will result in the filing of the submission. In case plagiarism is identified in a manuscript published in the journal, the Editor-in-Chief will conduct a preliminary investigation and, if necessary, will make a retraction.
This journal, following the recommendations of the Open Source movement, provides full open access to its content. By doing this, the authors keep all of their rights allowing Encontros Bibli to publish and make its articles available to the whole community.
Encontros Bibli content is licensed under a Creative Commons Attribution 4.0 International License.
Any user has the right to:
- Share - copy, download, print or redistribute the material in any medium or format.
- Adapt - remix, transform and build upon the material for any purpose, even commercially.
According to the following terms:
- Attribution - You must give appropriate credit, provide a link to the license, and indicate if changes were made. You may do so in any reasonable manner, but not in any way that suggests the licensor endorses you or your use.
- No additional restrictions - You may not apply legal terms or technological measures that legally restrict others from doing anything that the license permits.